Chivas de Guadalajara

Anh gia nhập đội bóng trẻ của thành phố quê hương Chivas de Guadalajara lúc chín tuổi. Hernández thi đấu cho đội B của CLB ở giải hạng 2 trong mùa bóng 2005-2006. Anh có màn ra mắt ấn tượng ở giải đấu bóng đá cao nhất México Apertura, khi tỉ số đã là 3-0 Hernández vào sân thay cho Omar Bravo ở phút 82 và ghi bàn thắng thứ tư của trận đấu chỉ sau 5 phút vào sân trong trận thắng 4-0 trước Necaxa F.C tại sân Estadio Jalisco. Bàn thắng ấn định tỉ số trong trận đấu cũng là bàn thắng duy nhất của anh trong bảy lần xuất hiện ở mùa giải 2006-07.

Anh ra sân 6 lần trong mùa bóng 2007-08 và 10 lần trong Apertura 2008 mà không có bàn thắng cho riêng mình. Nhưng giai đoạn sau, Hernández liên tục "nổ súng" đều đặn khi ghi bốn bàn trong mười lăm trận ở Clausura 2009. Còn ở Apertura 2009, anh đứng thứ 3 trong danh sách Vua phá lưới của mùa giải với mười một bàn thắng trong mười bảy trận ra sân.[6] Năm 2010, anh tiếp tục thi đấu ấn tượng khi ghi 10 bàn / 11 trận ở giải vô địch quốc gia [7] và đứng đầu danh sách Vua phá lưới trước khi chuyển về Manchester United.

Manchester United

Câu lạc bộ nước Anh giàu truyền thống Manchester United hiện đang thi đấu ở giải Ngoại hạng lần đầu tiên phát hiện ra Hernández trong tháng 10 năm 2009, một trinh sát đã đi đến México vào tháng 12 và gửi về một bản báo cáo tích cực sau khi xem các trận đấu của anh. Do độ tuổi còn trẻ của Hernández, câu lạc bộ này ban đầu lên chỉ kế hoạch chờ đợi xem tài năng của Javier đến đâu trước khi thực hiện một động thái để ký hợp đồng với anh ta, nhưng với sự góp mặt vào đội tuyển quốc gia tại World Cup 2010, câu lạc bộ này đã vội vã ngồi vào bàn đàm phán. Trinh sát trưởng của United, Jim Lawlor, đã được gửi đến Mexico trong ba tuần vào tháng 2 và tháng 3 để xem Hernández thi đấu và nộp một báo cáo tích cực về anh ta, trước khi mời câu lạc bộ qua México để hoàn tất các thủ tục giấy tờ.[8]

Vào ngày 8 tháng 4 năm 2010, anh ký hợp đồng thi đấu cho Manchester United với mức phí chuyển nhượng khoảng 6 triệu bảng Anh. Hernández sẽ chính thức gia nhập Bầy Quỷ Đỏ vào 1 tháng 7 năm 2010 nhưng anh đã ra mắt những Manucian (biệt danh của CĐV Man United) ngay trước trận thắng 3-2 trước Bayern Munich ở Old Trafford (Tứ kết Lượt về UEFA Champions League 2009-2010). Theo hợp đồng chuyển nhượng, Man United sẽ sang México để thi đấu giao hữu với C.D Guadalajara ngày 30 tháng 7 năm 2010; nhân dịp khánh thành sân vận động mới Estadio Movistar với sức chứa 45.000 chỗ của họ.[9]

Hernández có màn ra mắt M.U vào ngày 28 tháng 7 năm 2010 ở trận đấu với MLS All Star trong Tour du đấu 2010 của United. Phút thứ 63 anh được vào sân từ băng ghế dự bị thay cho Nani và anh cũng có bàn thắng đầu tiên cho Quỷ đỏ với cú lốp bóng điệu nghệ qua đầu thủ môn Rimando từ đường chuyền dài của Fletcher.[10] Hai ngày sau, Hernández ghi bàn thắng vào lưới Manchester United khi đang chơi trong một trận đấu giao hữu với câu lạc bộ cũ của mình, Chivas, anh bắt đầu trận đấu trong màu áo Chivas và ghi bàn chỉ sau tám phút. Anh chuyển sang M.U. vào hiệp hai nhưng cũng không thể ngăn chặn thất bại 3-2 cho United.[11] Sau đó, Hernández đã ghi tiếp bàn thắng thứ ba trước mùa giải vào ngày 4 tháng 8 khi anh ra sân từ băng ghế dự bị trong hiệp hai và đóng góp bàn thắng thứ ba cho United trong chiến thắng 7-1 trước đội đội tuyển các ngôi sao của giải vô địch Ai len tại sân vận động Aviva mới được xây dựng.[12]

Ngày 8 tháng 8 trong trận đấu với Chelsea tại Siêu cúp nước Anh Hernández cũng ra sân từ băng ghế dự bị trong hiệp hai và đóng góp vào một bàn thắng. Anh khéo léo chọn vị trí để nhận đường căng ngang từ Valencia nhưng vô tình sút trượt để bóng nảy lên trúng vào mặt rồi nhẹ nhàng bay vào lưới. Cuối cùng United có chiến thắng 3-1 để đoạt danh hiệu đầu tiên của mùa giải và đó cũng là chiếc cúp đầu tay của Javier kể từ khi anh gia nhập đội bóng.[13] Sau đó vào ngày 16 tháng 8, anh có trận đấu đầu tiên tại Giải ngoại hạng Anh (Premier League) trước Newcastle trên sân nhà Old Trafford khi vào sân thay thế cho Wayne Rooney ở phút 63.[14]

Real Madrid

Vào tháng 9 năm 2014 (ngày cuối cùng thị trường chuyển nhượng) Real Madrid hoàn tất thương vụ mượn Chicharito từ Manchester United. Anh chính thức khoác áo số 14 còn trống của Xabi Alonso để lại sau khi chuyển đến đầu quân cho Bayern Munich.